Эфиопияда SARS-CoV-2ди аныктоо үчүн төрт нуклеин кислотасын күчөтүү анализинин аткарылышы

Nature.com сайтына киргениңиз үчүн рахмат. Сиз чектелген CSS колдоосу менен серепчи версиясын колдонуп жатасыз. Мыкты тажрыйба үчүн жаңыртылган браузерди колдонууну сунуштайбыз (же Internet Explorerдеги Шайкештик режимин өчүрүү). Мындан тышкары, үзгүлтүксүз колдоону камсыз кылуу үчүн биз сайтты стилсиз жана JavaScriptсиз көрсөтөбүз.
Бир эле учурда үч слайддан турган каруселди көрсөтөт. Бир убакта үч слайд аркылуу өтүү үчүн Мурунку жана Кийинки баскычтарын колдонуңуз, же бир эле учурда үч слайд аркылуу өтүү үчүн аягындагы сыдырма баскычтарын колдонуңуз.
2019-жылдагы коронавирус оорусу (COVID-19) чыккандан бери, дүйнө жүзү боюнча көптөгөн коммерциялык нуклеиндик кислоталарды күчөтүү тесттери (NAATs) иштелип чыккан жана стандарттуу анализдерге айланган. Бир нече тесттер тез эле иштелип чыгып, лабораториялык диагностикалык тесттерге колдонулса да, бул сыноолордун иштеши ар кандай шарттарда бааланган эмес. Ошондуктан, бул изилдөө Эбботт SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI жана Sansure Biotech анализдеринин Композиттик маалымдама стандартын (CRS) колдонуу менен баалоого багытталган. Изилдөө Эфиопиянын Коомдук Саламаттыкты сактоо Институтунда (EPHI) 2020-жылдын 1-декабрынан 30-декабрына чейин жүргүзүлгөн. QIAamp РНК мини комплекти жана Эбботт ДНК үлгүсүн даярдоо тутуму аркылуу мурун-тамактан 164 үлгү алынган. 164 үлгүнүн 59,1% оң жана 40,9% CRS үчүн терс болду. Sansure Biotech оң CRS (б <0.05) салыштырмалуу кыйла төмөн болгон. Sansure Biotech оң CRS (б <0.05) салыштырмалуу кыйла төмөн болгон. Положительные результаты Sansure Biotech бул CRS (б < 0,05) боюнча сравнению боюнча билинген жок. Sansure Biotech оң натыйжалары CRS (б <0.05) салыштырмалуу кыйла төмөн болгон.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 У Sansure Biotech CRS боюнча сравнению боюнча абдан маанилүү натыйжаларга жетишти (p < 0,05). Sansure Biotech CRS (б <0.05) салыштырмалуу кыйла аз оң натыйжаларга ээ болгон.Төрт анализдин жалпы макулдашуусу CRS менен салыштырганда 96,3–100% түздү. Sansure Biotech анализинин позитивдүү көрсөткүчүнүн төмөндүгүнөн тышкары, төрт анализдин көрсөткүчтөрү дээрлик салыштырууга болот. Ошентип, Sansure Biotech [Research Only (RUO)] анализи аны Эфиопияда колдонуу үчүн кошумча текшерүүнү талап кылат. Акырында, тиешелүү өндүрүүчүнүн талаптары менен анализдерди баалоо үчүн кошумча изилдөөлөр каралышы керек.
Лабораториялык текшерүү Дүйнөлүк Саламаттыкты сактоо Уюмунун (ДСУ) 2019-жылдагы Коронавирус оорусуна (COVID-19) Даярдык жана жооп кайтаруу (SPRP) стратегиялык планынын бир бөлүгү болуп саналат. ДСУ өлкөлөргө даярдыкты, ишти туура башкарууну, сергектикти жана коомдук саламаттыкты сактоо чакырыктарына тез жооп кайтаруу үчүн лабораториялык потенциалды түзүү керек деп кеңеш берет. Бул лабораториянын ролу жаңы пайда болгон инфекциялык агенттердин оорусун жана эпидемиологиясын мүнөздөп, алардын таралышын көзөмөлдөөдө маанилүү экенин көрсөтүп турат.
COVID-19 диагнозу үчүн эпидемиологиялык жана медициналык маалымат, жеке симптомдор/белгилер, радиографиялык жана лабораториялык маалыматтар талап кылынат2. Ухань шаарында (Кытайда) COVID-19 эпидемиясы катталгандан бери дүйнө жүзү боюнча көптөгөн коммерциялык нуклеин кислотасын күчөтүү тесттери (NAATs) иштелип чыккан. Реалдуу убакыттагы тескери транскрипциялуу полимераздык чынжыр реакциясы (rRT-PCR) катуу курч респиратордук синдром 2 (SARS-CoV-2)3 инфекциясын лабораториялык диагностикалоо үчүн күнүмдүк жана стандарттык ыкма катары колдонулган. SARS-CoV-2нин молекулярдык аныктоосу, адатта, N (нуклеокапсиддик протеин гени), E (конверттеги белок гени) жана RdRp (РНКга көз каранды РНК полимераза гени) ORF1a/b (ачык окуу алкагы 1a/b) гендерине негизделет. . ген) вирустук геномдон аныкталган аймак. Алар вирусту таануу үчүн вирустук геномдордо табылган негизги консерваланган аймактар ​​болуп эсептелет4. Бул гендердин арасында RdRp жана E гендери жогорку аналитикалык аныктоо сезгичтигине ээ, ал эми N генинин аналитикалык сезгичтиги төмөн5.
ПТР анализдеринин көрсөткүчтөрү ар кандай факторлорго жараша өзгөрүшү мүмкүн, мисалы: экстракция реагенттери, күчөтүү/аныктоо реагенттери, экстракция ыкмасы, ПТР машинасынын сапаты жана башка аспаптар. 2020-жылдын апрелине карата тогуз өлкөдөн 48ден ашык ар кандай диагностикалык аппараттар COVID-196 диагностикасы үчүн Өзгөчө кырдаалдарда колдонууга уруксатты (EUA) алышты. Эфиопияда 26 мамлекеттик саламаттыкты сактоо мекемелеринде, анын ичинде ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 жана Quant-studio7 SARS-CoV-2ди ПТР аныктоо үчүн 14 реалдуу убакыт режиминдеги ПТР платформалары колдонулат. Мындан тышкары, Даан Ген тести, Эбботт SARS-CoV-2 тести, Sansure Biotech тести жана SARS-CoV-2 BGI тести сыяктуу ар кандай ПТР тесттери бар. rRT-PCR өтө сезгич болгону менен, COVID-19 менен ооруган айрым бейтаптар туура эмес чогултуу, ташуу, сактоо жана иштетүү жана лабораториялык текшерүүдөн улам үлгүлөрдөгү вирустук рибонуклеиндик кислотанын (РНК) көчүрмөлөрүнүн жетишсиздигинен жалган терс натыйжаларды билдиришет. персоналдын шарттары жана аракеттери8. Мындан тышкары, үлгүнү же контролду туура эмес иштетүү, цикл босогосун (Ct) орнотуу жана башка патогендик нуклеин кислоталары же активдүү эмес/калдык SARS-CoV-2 РНКсы менен кайчылаш реакция rRT-PCR9 анализдеринде жалган оң натыйжаларга алып келиши мүмкүн. Ошентип, ПЦР тесттери ген фрагменттеринин алып жүрүүчүлөрүн чындап эле аныктай алаары анык, анткени алар чындап активдүү вирустук гендерди айырмалай албайт, андыктан тесттер бейтаптарды эмес, алып жүрүүчүлөрдү гана аныктай алат10. Ошондуктан, биздин шартта стандарттуу ыкмаларды колдонуу менен диагностикалык натыйжалуулугун баалоо маанилүү. Көптөгөн NAAT реагенттери Эфиопиянын Коомдук Саламаттыкты сактоо Институтунда (EPHI) жана бүткүл өлкө боюнча бар болсо да, алардын натыйжалуулугун салыштырмалуу баалоо азырынча билдириле элек. Ошондуктан, бул изилдөө клиникалык үлгүлөрдү колдонуу менен rRT-PCR аркылуу SARS-CoV-2ди аныктоо үчүн коммерциялык жеткиликтүү комплекттердин салыштырма натыйжалуулугун баалоого багытталган.
Бул изилдөөгө COVID-19га шектелген 164 катышуучу киргизилген. Үлгүлөрдүн көпчүлүгү дарылоо борборлорунан (118/164 = 72%), ал эми калган 46 (28%) катышуучу дарыланбаган борборлордон болгон. Борбордо дарыланбаган катышуучулардын арасында 15 (9,1%) клиникалык шектүү учурлар жана 31 (18,9%) тастыкталган учурлар менен байланышта болгон. Токсон үч (56,7%) катышуучу эркек, жана катышуучулардын орточо (± SD) жашы 31,10 (± 11,82) жыл болгон.
Бул изилдөөдө COVID-19 үчүн төрт тесттин оң жана терс көрсөткүчтөрү аныкталган. Ошентип, Эбботт SARS-CoV-2 анализинин, Даан Ген 2019-nCoV анализинин, SARS-CoV-2 BGI анализинин жана Sansure Biotech 2019-nCoV анализинин оң көрсөткүчтөрү тиешелүүлүгүнө жараша 59,1%, 58,5%, 57,9% жана 55,5% түздү. . Оң жана терс курама маалымдама стандарты (CRS) упайлары тиешелүүлүгүнө жараша 97 (59,1%) жана 67 (40,9%) болгон (1-таблица). Бул изилдөөдө CRS аныктамасы "кандайдыр бир оң" эрежеге негизделген, мында төрт сыноо жыйынтыгынын ичинен бирдей натыйжа берген эки же андан көп сыноо натыйжалары чыныгы оң же терс деп эсептелген.
Бул изилдөөдө биз CRS менен салыштырганда бардык анализдер үчүн 100% (95% CI 94,6–100) терс пайыздык макулдашууну (NPA) таптык. Sansure Biotechnology анализи минималдуу PPA 93,8% (95% CI 87,2-97,1) жана Daan Gene 2019-nCoV анализи 99,4% (95% CI 96,6-99,9) жалпы макулдашууну көрсөттү. Ал эми, SARS-CoV-2 BGI анализи менен Sansure Biotech 2019-nCoV анализинин ортосундагы жалпы макулдашуу тиешелүүлүгүнө жараша 98,8% жана 96,3% түздү (2-таблица).
Коэндин CRS менен Эбботт SARS-CoV-2 анализинин натыйжаларынын ортосундагы макулдашуунун каппа коэффициенти толугу менен шайкеш келген (K = 1.00). Ошо сыяктуу эле, Коэндин Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI жана Sansure Biotech 2019-nCoV тарабынан аныкталган каппа баалуулуктары да CRS менен толук шайкеш келет (K ≥ 0,925). Бул салыштырма анализде хи-квадрат тести (МакНемар тести) Sansure Biotech 2019-nCoV анализинин натыйжалары CRS натыйжаларынан (p = 0,031) олуттуу айырмаланганын көрсөттү (2-таблица).
Сүрөттө көрсөтүлгөндөй.1 Эбботт SARS-CoV-2 анализинин эң төмөнкү Ct маанисинин (< 20 Ct) пайызы (бириккен RdRp жана N гени) 87,6%ды жана Sansure Biotech 2019-nCoV анализинин ORF1a/b генинин Ct мааниси төмөн экенин көрсөттү. Ct мааниси (<20 Ct) 50,3% жана жогорку Ct мааниси (36–40 Ct) 3,2% түздү. 1 Эбботт SARS-CoV-2 анализинин эң төмөнкү Ct маанисинин (< 20 Ct) пайызы (бириккен RdRp жана N гени) 87,6%ды жана Sansure Biotech 2019-nCoV анализинин ORF1a/b генинин Ct мааниси төмөн экенин көрсөттү. Ct мааниси (<20 Ct) 50,3% жана жогорку Ct мааниси (36–40 Ct) 3,2% түздү.Сүрөттө көрсөтүлгөндөй.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) 87,6% түзөт, Ct гена ORF1a/b анализи Sansure Biotech 2019-nCoV 2019-nCoV менен айырмаланат (< 20 Ct) туруктуу 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) 3,2% түзөт. 1, Эбботт SARS-CoV-2 (биргелешкен ген RdRp жана N) талдоосунун эң төмөнкү Ct маанисинин (< 20 Ct) пайызы 87,6%ды түздү жана Sansure Biotech 2019-nCoV генинин ORF1a/b анализинин Ct мааниси көрсөттү төмөн Ct маанисинин пайызы (< 20 Ct) 50,3% ды, ал эми жогорку маанини түздү. Ct (36-40 Ct) 3,2% ды түзгөн.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（（< 60% Biotech. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36)的百分比为3.2%。 1-сүрөттө көрсөтүлгөндөй, Эбботт SARS-CoV-2 тестинин Ct маанисинин эң төмөнкү пайызы (<20 Ct) (RdRp жана N генинин айкалышы) 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV тестинин ORF1a/b генинин Ct мааниси төмөн Ct值(<20 Ct) 的 пайызды көрсөтөт 50,3%,高Ct 值(36–40 Ct) 的 пайыз 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Эбботт SARS-CoV-2 (сочетающий гени RdRp и N) имел самое азкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b Biotech Sans10 - Анализ nCoV показал низкий Ct. 1-сүрөттө көрсөтүлгөндөй, Эбботт SARS-CoV-2 анализи (RdRp жана N гендерин айкалыштыруу) эң төмөнкү пайыздык Ct маанисине (<20 Ct) 87,6% ээ, ал эми Sansureдеги ORF1a/b генинин Ct мааниси Биотехнология 2019 изилдөө - nCoV анализи төмөнкү Ct көрсөттү. Процент значений (< 20 Ct) 50,3%, а пайыз жогорку значений Ct (36–40 Ct) 3,2% түзөт. Маанилердин пайызы (<20 Ct) 50,3%, ал эми жогорку Ct маанилеринин пайызы (36–40 Ct) 3,2%ды түздү.Эбботт SARS-CoV-2 B тести Ct маанилерин 30дан жогору жазды. Башка жагынан алганда, BGI SARS-CoV-2 анализинде ORF1a/b генинин Ct мааниси жогору болгон (> 36 Ct) пайыздык 4%ды түзгөн (1-сүрөт). Башка жагынан алганда, BGI SARS-CoV-2 анализинде ORF1a/b генинин Ct мааниси жогору болгон (> 36 Ct) пайыздык 4%ды түзгөн (1-сүрөт). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), пайыздык көрсөткүч 4% (рис. 1). Башка жагынан алганда, BGI SARS-CoV-2 генинин анализинде ORF1a/b жогорку Ct маанисине ээ болгон (> 36 Ct), анын пайызы 4% болгон (1-сүрөт).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比（4（4） Башка жагынан алганда, BGI SARS-CoV-2 аныктоодо, жогорку Ct мааниси бар ORF1a/b генинин пайызы (>36 Ct) 4% түзөт (1-сүрөт). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 пайыздык генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) 4% түзөт (рис. 1). Башка жагынан алып караганда, BGI SARS-CoV-2 анализинде Ct мааниси жогору (>36 Ct) ORF1a/b гендердин пайызы 4%ды түздү (1-сүрөт).
Бул изилдөөдө биз 164 назофарингеалдык үлгүлөрдү алдык. Анализдердин бардык түрлөрү үчүн РНКны изоляциялоо жана күчөтүү тиешелүү өндүрүүчүлөр тарабынан сунушталган ыкмаларды жана комплекттерди колдонуу менен аткарылган.
Бул изилдөө Эбботттун SARS-CoV-2 тести CRS менен бирдей аныктоо көрсөткүчүнө ээ экенин, 100% оң, терс жана жалпы шайкештигин көрсөттү. Коэндин каппа келишими 1.00 болуп саналат, бул CRS менен толук макулдашууну көрсөтөт. АКШдагы Вашингтон университетинин ушундай эле изилдөөсү SARS-CoV-2 үчүн Эбботт тестинин жалпы сезгичтиги жана өзгөчөлүгү CDCдин лабораториялык анализине (LDA) салыштырмалуу тиешелүүлүгүнө жараша 93% жана 100% экенин аныктады. . 11. Эбботттун SARS-CoV-2 аныктоо системасы N жана RdRp гендерин бир эле учурда чогуу аныктоого негизделген, анткени эки ген тең сезгич болуп, жалган негативдерди азайтат12. Венадагы (Австрия) изилдөө ошондой эле экстракция үлгүсүнүн чоң көлөмү жана аныктоочу элюенттин көлөмү суюлтуу эффекттерин азайтып, аныктоонун натыйжалуулугун жогорулатарын көрсөттү13. Ошентип, Эбботтун SARS-CoV-2 анализине эң сонун дал келүүсү бир эле учурда комбинатордук гендерди аныктаган, көп сандагы үлгүлөрдү (0,5 мл) бөлүп алган жана элюенттин чоң көлөмүн (40 мкл) колдонгон платформаны аныктоо системасы менен байланыштырылышы мүмкүн.
Биздин натыйжалар Даан генетикалык тестинин аныктоо көрсөткүчтөрү CRS менен дээрлик бирдей экенин көрсөттү. Бул Кытайдын Хуайнань шаарындагы Аньхуй университетинде жүргүзүлгөн изилдөөгө14 жана өндүрүүчүнүн 100% оң макулдашууга туура келет. Туруктуу жыйынтыктар тууралуу отчетторго карабастан, бир үлгү ошол эле элюатты кайра сынагандан кийин жалган терс болду, бирок Абботт SARS-CoV-2 жана Sansure Biotech nCoV-2019 анализдеринде оң болду. Бул анализдердин ар кандай түрлөрү боюнча натыйжалар өзгөрүлмө болушу мүмкүн экенин көрсөтүп турат. Ошого карабастан, Кытайда жүргүзүлгөн изилдөөдө15, Даан Ген анализинин натыйжасы лабораторияда аныкталган маалымдама анализине салыштырмалуу бир кыйла айырмаланган (p <0,05). Ошого карабастан, Кытайда жүргүзүлгөн изилдөөдө15, Даан Ген анализинин натыйжасы лабораторияда аныкталган маалымдама анализине салыштырмалуу бир кыйла айырмаланган (p <0,05). Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличалься (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Бирок, Кытайдагы изилдөөдө15, Даан Гендин анализинин натыйжасы алардын лабораториялык маалымдама анализинен бир топ айырмаланган (p <0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p <0,05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораториялык тестом. Бирок Кытайдагы изилдөөдө15, Даандын генетикалык тестинин натыйжалары анын эталондук лабораториялык сыноосуна салыштырмалуу бир топ айырмаланган (p <0,05).Бул дал келбөө SARS-CoV-2ди аныктоо үчүн эталондук тесттин сезгичтигине байланыштуу болушу мүмкүн жана анын себебин аныктоо үчүн кийинки изилдөөлөр маанилүү болушу мүмкүн.
Мындан тышкары, биздин изилдөө SARS-CoV-2 BGI анализинин CRS менен салыштырма натыйжалуулугун баалап, эң сонун оң пайыздык макулдашууну (PPA = 97,9%), терс пайыздык макулдашууну (NPA = 100%) жана жыныс боюнча жалпы пайыздык макулдашууну көрсөттү ( OPA). ). = 98,8%). Коэндин Kappa баалуулуктары жакшы макулдашууну көрсөттү (K = 0,975). Нидерландыдагы16 жана Кытайдагы15 изилдөөлөр ырааттуу жыйынтыктарды көрсөттү. SARS-CoV-2 BGI тести 10 мкл күчөтүү/аныктоо элюатын колдонгон бир генди (ORF1a/b) аныктоо тести. Биздин маалымдама натыйжалары менен жакшы статистикалык макулдашууга карабастан, анализ жалпы үлгүнүн эки оң үлгүсүн (1,22%) өткөрүп жиберди. Бул пациенттин жана коомчулуктун деңгээлинде жугуу динамикасы үчүн чоң клиникалык кесепеттерге ээ болушу мүмкүн.
Бул изилдөөгө киргизилген дагы бир салыштырма талдоо Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) анализи болгон; жалпы дал келүү пайызы 96,3% түздү. Келишимдин күчү ошондой эле Коэндин Каппа мааниси менен аныкталды, ал 0,925 болгон, бул CRS менен толук макулдашууну көрсөтөт. Дагы бир жолу, биздин натыйжалар Кытайдын Чанша шаарындагы Борбордук Түштүк университетинде жана Лючжоу элдик ооруканасынын клиникалык лабораториясында жүргүзүлгөн изилдөөлөр менен бирдей. Жогорудагы жакшы статистикалык шайкештик катталганына карабастан, хи-квадрат тести (MacNemar тести) Sansure Biotech анализинин натыйжасы CRS менен салыштырганда статистикалык маанилүү айырмачылыкка ээ болгонун көрсөттү (p <0,005). Жогорудагы жакшы статистикалык шайкештик катталганына карабастан, хи-квадрат тести (MacNemar тести) Sansure Biotech анализинин натыйжасы CRS менен салыштырганда статистикалык маанилүү айырмачылыкка ээ болгонун көрсөттү (p <0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, анализ хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech статистические значимое различие сравненно CRS <05). Жогорудагы жакшы статистикалык макулдашуу катталган болсо да, хи-квадрат тести (McNemar тести) Sansure Biotech анализинин натыйжасы CRS менен салыштырганда статистикалык жактан маанилүү айырма бар экенин көрсөттү (б <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech相比具有统计学显着差异（p <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 测 测 biotech ， ，与 crs 相比 具有 显着 （（（（p <0,005 Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, көрсөткүч хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистические значимую разницу (p < 0,005) Sansure Biotech жана CRS анализи. Жогоруда белгиленген жакшы статистикалык макулдашууга карабастан, хи-квадрат тести (McNemar тест) Sansure Biotech анализи жана CRS ортосунда статистикалык маанилүү айырманы (р <0.005) көрсөттү.Алты үлгү (3,66%) CRS менен салыштырганда жалган терс деп табылган (Кошумча таблица 1); бул өзгөчө вирустун таралуу динамикасын эске алганда, абдан маанилүү. Жогорудагы маалыматтар да бул төмөн аныктоо ылдамдыгын колдойт15.
Бул изилдөөдө ар бир анализ жана тиешелүү платформа үчүн Ct маанилери аныкталган, Эбботт SARS-CoV-2 анализинде эң төмөнкү орточо Ct мааниси билдирилген. Бул жыйынтык Эбботтун SARS-CoV-2ди аныктоо үчүн бир эле учурда бириктирилген генетикалык тестирлөө системасына байланыштуу болушу мүмкүн. Ошондуктан, 1-сүрөткө ылайык, Абботт SARS-CoV-2 жыйынтыктарынын 87,6% Ct мааниси 20дан төмөн болгон. Үлгүлөрдүн бир аз гана саны (12,4%) 20-30 диапазондо болгон. 30дан жогору Ct маанилери жазылган эмес. Эбботтун SARS-CoV-2 панелинин генетикалык тестирлөө форматын колдонуусунан тышкары, бул натыйжа төмөнкү аныктоо чегине (32,5 РНК көчүрмөсү/мл)18 байланыштуу болушу мүмкүн, бул компаниянын 100 РНК көчүрмөсү болгон төмөнкү чегинен үч эсе төмөн. /мл. мл)19.
Бул изилдөөнүн кээ бир чектөөлөрү бар: биринчиден, ресурстардын жетишсиздигинен улам бизде стандарттык/маалымдама методдор [мисалы, вирустук жүк же башка лабораториялык тесттер (LDA)] жок. Экинчиден, бул изилдөөдө колдонулган бардык үлгүлөр назофарингеалдык тампондор болгон, ал эми натыйжалар башка үлгүлөрдүн түрлөрүнө тиешелүү болгон эмес, үчүнчүдөн, биздин үлгүнүн көлөмү кичине болгон.
Бул изилдөө SARS-CoV-2 үчүн төрт rRT-PCR анализинин натыйжалуулугун мурун-жутуучу үлгүлөрдү колдонуу менен салыштырган. Sansure Biotech анализин кошпогондо, бардык аныктоо анализдери дээрлик салыштырууга болот. Мындан тышкары, CRS менен салыштырганда Sansure Biotech анализинде позитивдүүлүктүн төмөн деңгээли аныкталган (p <0,05). Мындан тышкары, CRS менен салыштырганда Sansure Biotech анализинде позитивдүүлүктүн төмөн деңгээли аныкталган (p <0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech менен CRS боюнча сравнению боюнча пайыздык натыйжаларга жетишти (p < 0,05). Мындан тышкары, Sansure Biotech тести CRS менен салыштырганда оң натыйжалардын төмөн пайызын көрсөттү (р <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более азкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Мындан тышкары, Sansure Biotech анализи CRSге салыштырмалуу төмөнкү оң көрсөткүчкө ээ болгон (б <0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA жана жалпы макулдашуунун анализи 93,5% ашты, Коэн Каппа келишиминин күчү 0,925 болгон. Акыр-аягы, Sansure Biotech Assay (RUO) Эфиопияда колдонуу үчүн кошумча текшерүүнү талап кылат жана жеке өндүрүүчүлөрдүн дооматтарын баалоо үчүн кошумча изилдөөлөр каралышы керек.
Салыштырмалуу изилдөө долбоору Аддис-Абебадагы төрт саламаттыкты сактоо мекемесинде, Эка Котебе ооруканасында, Миллениум чиркөөсүнүн дарылоо борборунда, Зевудиту мемориалдык ооруканасында жана Ыйык Петрдын кургак учук боюнча адис ооруканасында жүргүзүлгөн. Маалыматтар 2020-жылдын 1-декабрынан 31-декабрына чейин чогултулган. Бул изилдөө үчүн медициналык мекемелер алардын көп учурларынын жана шаардагы негизги дарылоо борборлорунун болушунун негизинде максаттуу түрдө тандалган. Ошо сыяктуу эле, аспаптар, анын ичинде ABI 7500 жана Abbott m2000 реалдуу убакыт ПТР инструменттери, NAAT реагент өндүрүүчүлөрүнүн сунуштарына ылайык тандалып алынган жана бул изилдөө үчүн төрт ПТР аныктоо комплекти тандалган, анткени Эфиопиядагы көпчүлүк лабораториялар жок дегенде кеминде колдонулган алардын төртөө. Ген тести, Эббот SARS-CoV-2 тести, Sansure Biotech тести жана SARS-CoV-2 BGI тести изилдөө учурунда аткарылган).
SARS-CoV-2 үчүн тестирлөө 2020-жылдын 1-декабрынан 30-декабрына чейин EPHIге шилтеме берген COVID-19 боюнча тергөө жүрүп жаткан адамдардан 3 мл Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Шэньчжэнь, Кытай) менен жүргүзүлдү. Насофарингеалдык үлгүлөр үйрөтүлгөн үлгү жыйноочулар тарабынан чогултулуп, үч пакетте EPHIге жөнөтүлдү. Нуклеин кислотасын обочолонтуудан мурун ар бир үлгүгө уникалдуу идентификациялык номер ыйгарылат. Экстракция ар бир үлгүдөн келгенден кийин кол менен жана автоматтык экстракция ыкмаларын колдонуу менен жүргүзүлөт. Ошентип, Abbott m2000 автоматтык түрдө экстракциялоо үчүн ар бир үлгүдөн 1,3 мл (анын ичинде 0,8 мл өлүк көлөм жана 0,5 мл экстракцияга кирүү көлөмү) үлгү алынган жана Абботт ДНК үлгүсүн даярдоо тутумунан (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, АКШ). ) 96 партиясы [92 үлгү, эки аныктоо башкаруусу жана эки калыптуу эмес башкаруу (NTC)] реалдуу убакытта SARS-CoV-2 (EUA) эки раундунун жалпы процессине (издөө жана аныктоо) киргизилген. тоо-кен казып алуу. Ошо сыяктуу эле, кол менен казып алуу үчүн, ошол эле үлгүлөрдү (автоматтык алуу жана ачуу үчүн) колдонуңуз. Ошентип, процесстин жүрүшүндө 140 мкл үлгүлөр QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Германия) аркылуу 24 партияда (анын ичинде 20 үлгү, эки анализди башкаруу жана эки NTC) тогуз раунддун ичинде аликвотко бөлүнгөн жана алынган. Кол менен алынган элюаттар SARS-CoV-2 BGI анализин, Даан Ген анализин жана Sansure Biotech анализин колдонуу менен ABI 7500 термикалык циклинин жардамы менен күчөтүлгөн жана аныкталган.
SARS-CoV-2 вирустук РНКсын автоматташтырылган изоляциялоо жана тазалоо Эбботт ДНК үлгүсүн даярдоо реагенттерин колдонуу менен магниттик мончок принцибине ылайык жүргүзүлөт. Үлгүлөрдү инактивациялоо жана вирустук бөлүкчөлөрдү эритүү протеинди денатурациялоо жана RNaseди инактивациялоо үчүн гуанидин-изотиоцианатты камтыган жуучу каражатты колдонуу менен ишке ашырылат. Андан кийин РНК кремнеземдин жардамы менен белоктон катуу фазага бөлүнөт, б.а. гуанидиний тузу жана лизис буферинин щелочтук рН нуклеиндик кислоталардын кремнеземге (SiO2) байланышына көмөктөшөт. Чайноо кадамы так чечим чыгаруу үчүн калган белокторду жана калдыктарды жок кылат. Тунук РНК кремнеземдин негизиндеги микробөлүкчөлөрдөн инструменттин магнит талаасын колдонуу менен бөлүнүп алынат20,21. Экинчи жагынан, РНКны кол менен изоляциялоо жана тазалоо спиндик колонна ыкмасы менен магниттик стенддин ордуна центрифугалоо жана микробөлүкчөлөрдү элюенттен бөлүү аркылуу жүргүзүлөт.
Абботтун реалдуу убакытта SARS-CoV-2 аныктоо тести (Abbott Molecular, Inc.) ДСУ жана FDAдан EUA19,22 алган өндүрүүчүнүн көрсөтмөлөрүнө ылайык аткарылган. Бул протоколдо, экстракциядан мурун үлгүнү инактивациялоо 56 °C суу мончосунда 30 мүнөткө аткарылган. Вирусту инактивациялоодон кийин нуклеин кислотасын экстракциялоо Abbott m2000 SP аспабында Abbott m2000 ДНК үлгүсүн даярдоо тутумун колдонуу менен 0,5 мл VTMден аткарылды. даярдоочу боюнча. Күчөтүү жана аныктоо Abbott m2000 RT-PCR инструментин колдонуу менен аткарылды, ал эми кош аныктоо RdRp жана N гендери үчүн аткарылды. ROX) жана VIC P (проприетардык боёк) ички контролду максаттуу жана аныктоо үчүн, эки күчөтүү продуктуларын бир эле учурда аныктоого мүмкүндүк берет 19 .
Бул комплекттин күчөтүү аныктоо ыкмасы бир кадамдуу RT-PCR технологиясына негизделген. ORF1a/b жана N гендер максаттуу аймактын күчөшүн аныктоо үчүн Daan Gene Technology тарабынан сакталган аймактар ​​катары тандалган. Атайын праймерлер жана флуоресценттик зонддор (FAM менен белгиленген N ген зонддору, VIC менен белгиленген ORF1a/b зонддору) үлгүлөрдөгү SARS-CoV-2 РНКсын аныктоо үчүн иштелип чыккан. Акыркы элюент жана мастер аралашмалар 25 мкл акыркы көлөмгө 20 мкл мастер аралашмага 5 мкл элюент кошуу менен даярдалды. Күчөтүү жана аныктоо ABI 750024 реалдуу убакыт ПТР аспабында бир эле учурда аткарылган.
ORF1a/b жана N гендери Sansure Biotech nCoV-2019 нуклеиндик кислота диагностикалык комплектинин (флуоресценттик ПТР аныктоо) жардамы менен аныкталган. ORF1a/b аймагы үчүн FAM каналын жана N гени үчүн ROX каналын тандоо менен ар бир максаттуу ген үчүн атайын иликтөөлөрдү даярдаңыз. Бул анализ комплектине элюент жана мастер аралашма реагенттер төмөнкүдөй кошулат: аныктоо/күчөтүү үчүн 30 мкл мастер аралашма реагентти жана 20 мкл элюталанган үлгүнү даярдаңыз. Реалдуу убакыттагы ПТР ABI 750025 күчөтүү/аныктоо үчүн колдонулган.
SARS-CoV-2 BGI тести бул COVID-19 диагностикасы үчүн флуоресценттүү реалдуу убакыт режиминдеги rRT-PCR комплекти. Максаттуу аймак SARS-CoV-2 геномунун ORF1a/b аймагында жайгашкан, бул бир генди аныктоо ыкмасы. Мындан тышкары, адамдын үй чарба гени β-актин ички жөнгө салынган максаттуу ген болуп саналат. Мастер аралашма 20 мкл мастер аралашма реактивин жана 10 мкл алынган РНК үлгүсүн скважина пластинасында аралаштыруу жолу менен даярдалат26. Күчөтүү жана аныктоо үчүн ABI 7500 флуоресценттик сандык реалдуу убакыт ПТР аспабы колдонулган. Бардык нуклеин кислотасын күчөтүү, ар бир анализ үчүн ПТР жүргүзүү шарттары жана натыйжаларды чечмелөө тиешелүү өндүрүүчүнүн көрсөтмөлөрүнө ылайык аткарылды (3-таблица).
Бул салыштырма талдоодо биз төрт талдоо үчүн пайыздык макулдашууну (оң, терс жана жалпы) жана башка салыштыруу параметрлерин аныктоо үчүн эталондук стандарт ыкмасын колдонгон жокпуз. Ар бир тестти салыштыруу CRS менен жүргүзүлдү, бул изилдөөдө CRS "кандайдыр бир оң" эрежеси менен орнотулду жана натыйжа бир тест менен эмес, аныкталды, биз жок дегенде эки дал келген тесттин жыйынтыгын колдондук. Кошумчалай кетсек, COVID-19 жуккан учурда, жалган оң натыйжаларга караганда жалган терс натыйжалар коркунучтуу. Ошондуктан, CRS натыйжасынан мүмкүн болушунча так "оң" деп айтуу үчүн, жок дегенде эки анализ тести оң болушу керек, башкача айтканда, жок дегенде бир оң натыйжа EUA анализинен чыгышы мүмкүн. Ошентип, төрт сыноо жыйынтыгынын ичинен бирдей натыйжа берген эки же андан көп сыноо натыйжалары чыныгы оң же терс деп эсептелет18,27.
Маалыматтар структураланган маалыматтарды алуу формаларынын жардамы менен чогултулган, маалыматтарды киргизүү жана талдоо Excel статистикалык программасын жана сыпаттоочу статистика үчүн SPSS 23.0 версиясын колдонуу менен жүргүзүлгөн. Оң, терс жана жалпы пайыздык макулдашуу талданып, CRS менен ар бир ыкманын макулдашуу даражасын аныктоо үчүн Kappa баллы колдонулган. Kappa маанилери төмөнкүчө чечмеленет: жумшак макулдашуу үчүн 0,01ден 0,20га чейин, жалпы макулдашуу үчүн 0,21ден 0,40ка чейин, орточо макулдашуу үчүн 0,41-0,60, негизги макулдашуу үчүн 0,61-0,80 жана толук макулдук үчүн 0,81-0,9928.
Этикалык жол-жоболоштуруу Аддис-Абеба университетинен алынган жана бул изилдөө үчүн бардык эксперименталдык протоколдор Эфиопиянын Коомдук Саламаттыкты сактоо Институтунун Илимий этиканы карап чыгуу кеңеши тарабынан бекитилген. EPHI этика лицензиясынын маалымдама номери EPHI/IRB-279-2020. Бардык ыкмалар Эфиопиянын COVID-19ны дарылоо боюнча улуттук комплекстүү колдонмолорунун сунуштарына жана жоболоруна ылайык колдонулган. Мындан тышкары, жазуу жүзүндөгү маалымдалган макулдук изилдөөгө катышуу алдында бардык изилдөө катышуучуларынан алынган.
Бул изилдөөдө алынган же талданган бардык маалыматтар ушул жарыяланган макалада камтылган. Бул изилдөөнүн натыйжаларын ырастоочу маалыматтар негиздүү өтүнүч боюнча тиешелүү автордон жеткиликтүү.
Бүткүл дүйнөлүк саламаттык сактоо уюму. COVID-19 үчүн лабораториялык тестирлөө стратегиялары боюнча сунуштар: Убактылуу жетекчилик, 21-март, 2020-ж. № WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (ДСУ, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 Тез жардам бөлүмүндө акылдуу диагнозу: Бардыгы практикада. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 Тез жардам бөлүмүндө акылдуу диагнозу: Бардыгы практикада.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. and Gurgulianis, KI. Тез жардам бөлүмүндө COVID-19 интеллектуалдык диагнозу: бардыгы иш жүзүндө.Muliou DS, Pantazopoulos I. and Gurgulyanis KI. Тез жардам бөлүмдөрүндө COVID-19 интеллектуалдык диагностикасы: практикада акырына чейин интеграция. Эксперт Реверенд Респир. дары. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluation of COVID19 ID NOW EUA assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluation of COVID19 ID NOW EUA assay.Mitchell, SL жана St. George, K. Evaluation of COVID19 ID NOW EUA assay.Митчелл SL жана Сент Джордж К. COVID19 ID NOW EUA анализин баалоо. J. Клиникалык. Вирус. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
БҮТКҮЛ ДҮЙНӨЛҮК САЛАМАТТЫК САКТОО УЮМУ. 2019-жылдагы коронавирус оорусун (COVID-19) адам оорусуна шектелген учурда лабораториялык аныктоо. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (2020-жылдын 15-августунда жеткиликтүү) (ДСУ, 2020).
Удугама, B. жана башкалар. COVID-19 диагнозу: Оорулар жана тестирлөө куралдары. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. жана башкалар. Чыгыш, Борбордук жана Түштүк Африканын патологдор колледжинин түзүлүшү - Жакынкы Чыгыш жана Түштүк Африканын Патология аймактык мектеби. Африка. J. Лаб. дары. 9(1), 1-8 (2020).
Эфиопиянын коомдук саламаттыкты сактоо институту, федералдык саламаттык сактоо министерствосу. Убактылуу Улуттук стратегия жана COVID-19 лабораториялык диагностикасы боюнча колдонмо. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (2020-жылдын 12-августунда жеткиликтүү) (EPHI, 2020).
Волошин, С., Пател, Н. & Кессельхайм, AS SARS-CoV-2 инфекциясынын кыйынчылыктары жана кесепеттери үчүн жалган терс тесттер. Волошин, С., Пател, Н. & Кессельхайм, AS SARS-CoV-2 инфекциясынын кыйынчылыктары жана кесепеттери үчүн жалган терс тесттер.Волошин С., Пател Н. жана Кесселхайм AS SARS-CoV-2 инфекциялары жана алардын кесепеттери үчүн жалган терс тесттер.Волошин С., Пател Н. жана Кессельхайм AS провокация жана SARS-CoV-2 инфекциясынын таасири үчүн жалган-терс тесттер. N. eng. J. Медицина. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Жалган-позитивдүү жана жалган-терс COVID-19 учурлары: Дем алуунун алдын алуу жана башкаруу стратегиялары, эмдөө жана андан аркы перспективалар. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Жалган-позитивдүү жана жалган-терс COVID-19 учурлары: Дем алуунун алдын алуу жана башкаруу стратегиялары, эмдөө жана андан аркы перспективалар. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респиратордук профилактика жана стратегиялык лечения, вакцинация жана дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19 жалган позитивдүү жана жалган терс учурлар: дем алуунун алдын алуу жана дарылоо стратегиялары, эмдөө жана алдыга карай жол.Muliu, DS жана Gurgulianis, KI, COVID-19 жалган-оң жана жалган-терс учурлар: дем алуунун алдын алуу жана дарылоо, эмдөө жана алдыга карай жол. Эксперт Реверенд Респир. дары. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Тез жардам бөлүмүндө COVID-19 диагнозу: даракты көрүп, бирок токойду жоготуп алуу. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Тез жардам бөлүмүндө COVID-19 диагнозу: даракты көрүп, бирок токойду жоготуп алуу.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Constantinos, G. COVID-19 Диагноз Тез жардам бөлүмүндө: Даракты кара, Токойду жогот.Мулиу ДС, Иоаннис П. жана Константинос Г. Тез жардам бөлмөлөрүндө COVID-19 диагнозу: дарактарга токой жетишсиз. Пайда болуу. дары. Ж. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дегли-Анжели, Э. Эбботтун RealTime SARS-CoV-2 анализинин аналитикалык жана клиникалык көрсөткүчтөрүнүн валидациясы жана валидациясы. J. Клиникалык. Вирус. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipur, M. & Aflatoonian, B. Кадимки RT-PCR аркылуу вирус инфекциясын аныктоо үчүн COVID-19нун ар кандай геномдук аймагынан алынган беш праймер топтомун салыштыруу. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipur, M. & Aflatoonian, B. Кадимки RT-PCR менен вирус инфекциясын аныктоо үчүн COVID-19нун ар кандай геномдук аймактарынан алынган беш праймер топтомун салыштыруу.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipur, M. and Aflatunyan, B. Кадимки RT-PCR аркылуу вирустук инфекцияны аныктоо үчүн COVID-19 геномунун ар кайсы аймактарынан алынган праймерлердин беш топтомун салыштыруу. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlipur, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipur, M. & Aflatoonian, B. Кадимки RT-PCR менен вирустук инфекцияны аныктоо үчүн COVID-19нын 5 түрдүү генетикалык аймактарын салыштыруу.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlipur M. and Aflatunyan B. Кадимки RT-PCR аркылуу вирустук инфекцияны аныктоо үчүн COVID-19 геномунун ар кайсы аймактарынан алынган праймерлердин беш топтомун салыштыруу.Иран. J. Микробиология. 12(3), 185 (2020).
Герцер, I. жана башкалар. SARS-CoV-2 геномунун ырааттуулугун аныктоо боюнча улуттук тышкы сапатты баалоо программасынын алгачкы жыйынтыктары. J. Клиникалык. Вирус. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Оор курч респиратордук синдрому үчүн беш RT-PCR комплектинин натыйжалуулугун аналитикалык баалоо Coronavirus 2. J. Clinical. лаборатория. анус. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Чыныгы убакыт режиминдеги полимераздык чынжыр реакциясына (ПЦР) негизделген Кытайда жети коммерциялык SARS-CoV-2 РНКны аныктоочу комплекттин баасы. клиникалык. Химиялык. лаборатория. дары. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Жети коммерциялык RT-PCR COVID-19 диагностикалык комплекттерин салыштыруу. J. Клиникалык. Вирус. 128, 104412 (2020).
Лу, Ю, жана башкалар. SARS-CoV-2 нуклеиндик кислоталарды аныктоо үчүн эки ПТР комплектинин диагностикалык натыйжалуулугун салыштыруу. J. Клиникалык. лаборатория. анус. 34(10), e23554 (2020).
Лефарт, PR ж.б. төрт SARS-CoV-2 нуклеиндик кислотаны күчөтүү тестирлөө (NAAT) платформасын салыштырма изилдөө ID NOW көрсөткүчү пациентке жана үлгүнүн түрүнө жараша кыйла начарлаганын көрсөттү. диагноз. микробиология. Жугузуу. дис. 99(1), 115200 (2021).
Эбботт молекуласы. Эбботтун реалдуу убакыт режиминде SARS-CoV-2 талдоо пакетинин кошумчасы. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (2020-жылдын 10-августуна карата) (2020).
Klein, S. жана башкалар. RT-qPCR жана RT-LAMP тарабынан тез масштабдуу аныктоо үчүн магниттик мончокторду колдонуу менен SARS-CoV-2 РНК изоляциясы. Вирус 12(8), 863 (2020).